La région Auvergne-Rhône-Alpes comprend 260 sites, dont 213 sites au titre de la Directive Habitats et 47 sites au titre de la Directive Oiseaux. L’ensemble couvre une superficie 938 450 ha, soit 13,3 % de la région.
Ces sites n’abritent pas moins de 66 espèces d’oiseaux inscrites en annexe I de la directive Oiseaux, 72 espèces (animales -hors oiseaux- ou végétales) d’intérêt communautaire et près de 79 habitats naturels retenus au sein de la directive Habitats.
Dans la plupart des cas, les Directions Régionales de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DREAL) sont les relais de l'Etat pour la mise en œuvre de la démarche Natura 2000. Elles ont en charge de suivre l'animation des sites sur leur territoire.
La région AuRA quant à elle en a décidé autrement ; dans un souci de proximité et donc d'une meilleure application au territoire, elle a choisi de déléguer ce suivi aux Directions Départementales des Territoires.
